云南大学“自然资源药物化学教育部重点实验室”是国家教育部2008年2月批准正式成立的教育部重点实验室，是云南大学第一个教育部重点实验室。“立足资源，服务云南，做出特色”是实验室的定位和指导方针。
本重点实验室以研究云南的自然资源（动物、植物及微生物资源）的化学成分为已任，以获得高生理活性的天然产物及其类似物为导向，在从事创新性基础研究的同时，开发具有自主知识产权的新技术、新产品，努力实现科技成果的产业化，为国家和地方经济建设服务。实验室凝聚化学科学与工程学院的科研力量，形成了一支以中青年骨干教师为主、学风严谨，富于创新，结构合理的学术梯队。重点实验室拥有“超导核磁共振仪”（300兆及500兆各一台）、“X-单晶衍射仪”、“液相色谱/高分辨质谱仪”、“时间分辨红外光谱仪”、“超高效液相色谱仪”、“气相色谱-质谱联用仪”、“蛋白质纯化系统”、“制备色谱仪”、“元素分析仪”等大型仪器设备，拥有天然产物提取及分离中试实验基地。
云南大学教育部自然资源药物化学重点实验室现有专兼职科研及管理人员58人。其中博士生导师10人，工程院院士1人，人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，教育部新世纪优秀人才2人，获得国家自然科学基金项目1人，获得“云南省有突出贡献的优秀专业技术人才”奖1人，云南省中青年学术带头人及技术创新人才20人。在读博士硕士研究生92人，已形成了稳定的研究队伍及人才培养规模。实验室本着“开放，流动，联合，竞争”的理念及运行模式，接受国内外高校，科研机构及企业科研人员进修、访问及联合研究；接收博士生、硕士生短期互访及联合培养。
实验室研究主要集中在四个方向，分别是：1、天然产物及其类似化合物的合成及构效关系研究；2、云南民族民间药用资源的化学成份及生理活性研究；3、云南药用植物有效化学成份的分离分析方法研究；4、云南丰产植物化学成份的开发利用及药物中间体合成研究。
实验室将紧密结合云南的特色自然资源，注重自然资源的综合利用，注重社会经济的可持续发展，注重云南自然资源及生态环境的保护，积极开展药物化学相关的基础及应用研究，出创新性的基础研究成果，为国家和地方经济建设服务，成为西部乃至中国药物化学研究同行业中有特色、有影响的重点实验室。
