食品科学系是甘肃畜牧工程职业技术学院开设的新型特色系之一，成立于2005年6月。建系以来，在学院的关心和领导下，经全系师生的共同努力，通过调整、扩大、发展和提高，全系学科建设、师资队伍已得到迅速发展，科研和技术推广能力不断提升，专业人才队伍和管理队伍已初具规模。现开设有食品加工技术专业、食品营养与检测专业、食品生物技术专业、酿酒技术（葡萄与葡萄酒工程方向）、农产品加工与质量检测专业和园艺技术专业。全系在校学生1200多人。
建系以来，全系教师锐意进取，坚持以思想为保证，团结为动力，发展为核心的工作思路，以提高教学质量为核心，以师资队伍建设和专业建设为重点，以培养技术技能人才为己任，强化教学管理，深化教学改革，全面提高教学质量。食品科学系拥有一支结构合理、业务能力强、富有敬业精神和团队意识的教师队伍，现有教职工33人，其中教授2人，副教授4人，讲师12人，硕士研究生9人，在读硕士5人，同时聘请客座教授5人。主编或参编国家高职高专规划教材及各类培训教材30余部，主持或参与完成12项省、市及院列科研项目，并获得“甘肃省科技进步奖”二等奖1项，农业部“农牧渔业丰收奖”三等奖1项，“甘肃省农牧渔业丰收奖”二等奖2项，“武威市科技进步奖”一等奖2项，申报专利6项，在各类期刊发表科技论文120余篇。
为满足教学需要，食品科学系非常重视实验室和实习基地建设，现有食品加工实训室、食品微生物实训室、食品分析与检测实训室、食品营养实训室、乳品饮料加工中心、食品工程仿真实训室、葡萄酒工艺实训室、食品发酵实训、软饮料加工实训室等专业实训室16个及葡萄与葡萄酒工程研发中心和武威市葡萄与葡萄酒产业生产力促进中心及甘肃省中小企业公共服务平台网络葡萄与葡萄酒产业“窗口”平台，教学设备先进，设施优良，开设有以企业命名的“威龙班”、“顶益班”等，并与山东威龙葡萄酒股份有限公司、达利集团甘肃食品公司、南京旺旺、南京喜之郎、南京雨润集团、上海佳格、福建安井食品、杭州顶益（康师傅）食品等20多家国内大型食品企业建立了良好的顶岗实习和就业基地。
食品科学系在建设与发展过程中，秉承“自强 明德 尚能 笃行”的校训，弘扬“团结创新，奋发有为”的精神，形成了“厚德博学、教书育人、勤学善思、学以致用”的优良系风。食品科学系坚持以立德树人为根本，以服务发展为宗旨，以促进就业为导向，培养具有德、智、体、美、劳全面发展，实践及创新创业能力强、专业素质高，掌握食品科学与工程、葡萄与葡萄酒工程、园艺技术、农产品加工与质量检测的基本理论和基本技能的技术技能人才。
