水生生物学实验室早于上世纪70年代就开始工作，多年来一直配合大连海洋大学省部级重点学科——水产养殖学科和省部级重点开放实验室——农业部海洋水产增养殖生态学重点开放实验室（现更名为海洋水产增养殖学与生物技术重点开放实验室）开展科学研究和人才培养工作。
1999年由大连水产学院正式成立水生生物学重点实验室，设有水域生态学、鱼类生物学、海藻生物学与渔业利用和水产无脊椎动物学四个稳定的研究方向。实验室建立以来，坚持科学技术是第一生产力的思想，坚持为区域经济服务，为建设“海上辽宁”和“海上大连”和“振兴老工业基地”服务；坚持科学研究与新技术开发相结合；坚持科学研究、人才培养、学术队伍建设、作风与制度建设协调发展的原则，明确科学研究方向，规范工作程序，严格过程管理，从而使该实验室在科学研究、学术队伍建设、人才培养、国内外学术交流等都取得较好成绩。
1999年以来，实验室承担了国家“863”计划、国家科技攻关和国家“973”项目7项，国家自然科学基金7项，国家、省、部和地方科技项目累积70余项，有多项成果具世界领先和先进水平，完成的成果大部分得到推广应用，有力地推动了辽宁省乃至我国渔业科技的进步和产业发展。
根据《关于公布辽宁省新增省级高校重点实验室名单的通知》（辽教发[2004]157号）文件，水生生物学重点实验室被评为辽宁省省级高校重点实验室（C类），实验室建立后，将围绕上述研究方向开展工作，为辽宁省水生生物资源利用和保护以及为水产增养殖产业提供技术支撑和保障，将整体提高辽宁省水生生物多样性和可持续利用，提高水产增养殖技术水平，带动产业持续、稳定发展。发挥区位优势，立足黄、渤海和中国北方内陆水域，逐渐形成具有区域特色的水生生物学研究中心，以适应并服务于我国北方水产增养殖知识创新，实现水产增养殖业和环境的健康、协调发展。积极争取并高质量完成国家各级科研开发任务，多途径吸收资金，扩大开放交流力度，增强研究实力，多出科研成果，加速成果转化，将实验室建成辽宁省水生生物研究中心和高水平的水生生物科技创新、高新技术成果孵化及人才培养基地，力争该学科早上博士点，培养高水平人才。提高实验室在我国生物科技发展和“海上辽宁”建设中的科技贡献率，为辽宁省由海洋大省向海洋强省的转变做出应有贡献。
