国家第三轮学科评估历时一年，按照自愿申请参评的原则，采用客观评价与主观评价相结合的方式，所需数据由相关政府部门、社会组织公布的公共数据和参评单位报送的材料构成。通过对相关数据的公示、核查，同时还邀请了学科专家、政府部门及企业界人士进行主观评价，在此基础上形成最终评价结果。
评估结果已经于2013年1月29日发布, 湖南农业大学有四个一级学科的排名进入前十名，其中作物学并列第六，农业资源与环境并列第七， 畜牧学并列第八，园艺学第九。
此次评估根据教育部“提高高等教育质量三十条”、“2011协同创新计划”和“研究生教育综合改革”等有关精神，指标设置突出“质量、成效、特色”，在各方普遍关注的“学生评价、论文评价、科研评价、特色评价”等方面进行改革创新，倡导新的“学科评价质量文化”。 全校各学科要在熟悉新的指标体系的基础上扎实加强学科建设工作， 力争取得更大的成绩。
