2016年元月，省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室由科技部和青海省人民政府共同批准建设。实验室依托青海大学，由青海省科技厅主管，实行实验室学术委员会领导下的主任负责制，由青海大学校长王光谦院士担任实验室主任，中国水利水电科学研究院胡春宏院士任学术委员会主任委员。
实验室瞄准青藏高原生态保护和高原农牧业可持续发展中的重大科学问题，紧密围绕国家战略和区域经济社会发展需求，形成了高原水文水资源与水生态环境、高原生态系统功能及演替规律研究、高原农牧业种质资源创新与利用三个研究方向。
实验室现有固定人员120人，包括科研人员105人，专职管理人员4人，实验技术人员11人，博士占比达80%。共聘请了7名首席专家，确定了8名学术骨干，组建了40名青年博士组成的创新团队。
青海大学新建成的实验大楼15000平方米作为国家重点实验室研究平台，为重点实验室提供了充足的发展空间。2016年学校投入3890万元支持实验室建设，购置先进实验仪器，搭建共享研究平台。
实验室成立仅一年来，获批国家重大研发计划项目5项，其中3项主持，经费5687万元；两项参与，经费730万元。国家自然科学基金24项，青海省科技厅项目60项，总计获批经费11103万元。获2016年度国家科技进步二等奖1项，2016年度青海省科技进步重大贡献奖1项，一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项。在国际学术期刊发表SCI论文16篇。与新西兰奥克兰大学合编专著一部，是世界上首部关于青海三江源的著作，由德国施普林格出版社出版。
