福建商业高等专科学校的办学渊源可追溯至福建近代最早的职业学校之一——爱国侨领黄乃裳创办于1906年的“福州青年会书院”。1984年，经国家教育部批准升格为高等专科学校。2007年在教育部高职高专人才培养工作水平评估获得优秀，2008年遴选为“福建省示范性高等职业院校”，先后获得福建省高等学校和谐校园、福建省平安校园等荣誉称号。