河套学院的前身是1985年创建的河套大学，由自治区人民政府批准成立并经教育部备案。著名经济学教授陈良璧先生为首任校长。学校的创建得到了党和国家领导人的亲切关怀，1986年时任国家副主席乌兰夫同志为学校题写校名。1996年全国人大常委会副委员长程思远同志莅临学校考察指导工作。学校初创时期举步维艰，财力匮乏、校舍简陋、师资不足。在创建过程中得到了各级政府、社会各界人士和巴彦淖尔人民的大力支持和资助。

进入新世纪学校经历了两次教育资源优化整合。2001年原巴彦淖尔盟教育学院、巴彦淖尔盟师范学校（前身为1943年傅作义将军创办的绥远省立陕坝师范学校）并入河套大学。2004年原内蒙古广播电视大学巴彦淖尔盟分校、巴彦淖尔盟财贸职工中等专业学校、巴彦淖尔盟卫生学校、巴彦淖尔盟农牧业中等专业学校、内蒙古临河水利学校并入河套大学。

2012年河套大学经教育部批准升格为普通本科院校，更名为河套学院，实行内蒙古自治区和巴彦淖尔市两级管理体制，以自治区管理为主。升本的同时，巴彦淖尔市委、政府提出举全市之力办好河套学院，在财力十分困难的情况下，投资10.28亿元在黄河之滨建设新校区（双河校区），2018年底建成并投入使用，办学条件发生根本性变化。2016年学院获得学士学位授予权，同年被自治区人民政府批准为整体转型试点院校。2020年学院顺利通过教育部本科教学工作合格评估，学院的发展迈向了新阶段。