教育部重点实验室：

西南大学蚕学与系统生物学研究所

三峡库区生态环境教育部重点实验室??

家蚕基因组学重点实验室??

认知与人格重点实验室

农业部科研机构：??

蚕桑学重点实验室???

生物技术与作物品质改良重点实验室?

国家紫色土肥力与肥料效益监测基地??

国家果树种质重庆柑桔圃????

国家柑桔苗木脱毒中心????

国家柑桔品种改良中心?????

农业部柑桔及菌木质量监督检验测试中心

农业环境保护研究室?????

农业化学研究室????

土地资源研究室????

土壤肥力研究室?

重庆市科研机构：

重庆市数字农业重点实验室

智能软件与软件工程重庆高校市级重点实验室????

牧草与草食家畜重点实验室

蔬菜学重点实验室

农业资源与环境研究重点实验室????

重庆市农产品加工技术重点实验室

重庆市植物病害生物学重点实验室

“非线性光纤光学”重庆市重点实验室

重庆市基础心理学重点实验室

三峡库区植物生态与资源重点实验室

水产科学重庆市市级重点实验室?

重庆市现代分析化学重点实验室?

应用化学重点实验室?

昆虫学及害虫控制工程重点实验室?

果树学重点实验室?

重庆市油菜工程技术研究中心??

重庆市智能仪表及控制装备工程技术研究中心?

教育部文科基地：

西南大学西南民族教育与心理研究中心

重庆市文科基地：

西南大学三峡库区经济社会发展研究中心

西南大学心理学与社会管理研究中心

西南大学中国诗学研究中心/中国新诗研究所

西南大学马克思主义理论与思想政治教育研究中心

西南大学农村经济与管理研究中心