四川大学由原四川大学、原成都科技大学、原华西医科大学三所全国重点大学经过两次合并而成。

原四川大学起始于1896年四川总督鹿传霖奉光绪特旨创办的四川中西学堂，是西南地区最早的近代高等学校。

原成都科技大学是新中国院系调整时组建的第一批多科型工科院校。

原华西医科大学源于1910年由西方基督教会组织在成都创办的华西协合大学，是西南地区最早的西式大学和国内最早培养研究生的大学之一。

1994年，原四川大学和原成都科技大学合并为“四川联合大学”。

1998年更名为四川大学，江泽民、李鹏等党和国家领导人就两校合并为学校题词并寄予深切厚望。

2000年，四川大学与原华西医科大学合并，组建了新的四川大学。李岚清同志在考察新四川大学时说：“四川大学是我们改革最早的大学，对我国高校的改革做出了历史性的贡献，可以说是高校体制改革的先锋。”在2008年“5.12”汶川特大地震抗震救灾期间，吴邦国、温家宝等多位党和国家领导人先后到四川大学视察慰问。