学校有1个国家级人文社会科学重点研究基地；1个国家理科基础科学研究和教学人才培养基地（数学与应用数学专业）； 3个国家省部共建重点实验室；6个自治区级重点实验室。

新疆生物资源基因工程科技部省部共建国家重点实验室培育基地

绿洲生态教育部省部共建重点实验室

清洁能源材料于技术教育部省部共建重点实验室

新疆石油天然气精细化工教育部省部共建重点实验室

新疆多语种信息技术自治区级重点实验室

新疆中亚造山带大陆动力学与成矿预测自治区级重点实验室