1956年6月，南通区、市贸易干部训练班开学。1956年9月，该训练班经南通地委财贸部批准，更名为“江苏省南通区、市商业职工学校”。1964年11月，经南通市政府同意，筹建“南通市半工半读商业学校”。1965年4月，经省商业厅批准，学校正式成立，校址设在南通市胡家园4号。1965年7月，学校更名为“南通市商业学校”。1965年9月，与财贸干校分开，校名恢复为“南通市半工半读商业学校”，迁往民办红旗中学（西公园中学）。1968年7月，成立南通市商业学校革命委员会。1969年12月停办。1972年12月，南通市委申请恢复南通市商业学校，经江苏省委批准复办，校址先设在大公巷3号，后迁至跃龙路93号。

    1978年8月，经江苏省人民政府批准，正式更名为“江苏省南通供销学校”，1980年迁至工农路47号，占地近100亩。同年，跃龙路校区变更为隶属于供销学校的干部职工学校，面向省内外系统内招收成人中专，1987年根据省供销社的要求，该校区归属南通市供销合作社。1992年，江苏省供销合作干部学校并入，1998年、2000年，学校先后晋升为省（部）级重点中专和国家级重点中专。

    2000年9月，学校开始招收五年制高职生。2003年4月，收购原南通市辉煌实验学校，校址为南通市江通路48号，同年9月，该校区正式投入使用。2003年11月，经江苏省教育厅批准，学校正式更名为“江苏省南通商贸高等职业学校”。同时，增挂“江苏联合职业技术学院南通商贸分院”校牌，以举办五年制高职为主。2004年12月，在江通路校区基础上扩征土地，校区面积达502亩。2010年8月，学校实行资源整合，工农路校区置换，整体搬迁至江通路48号，开启了新校区“十二五”办学的新局面。

    2013年1月18日，江苏省人民政府苏政复〔2013〕8号文《省政府关于同意建立江苏商贸职业学院的批复》，同意在江苏联合职业技术学院南通商贸分院（江苏省南通商贸高等职业学校）基础上建立江苏商贸职业学院；2013年5月15日，教育部教发函〔2013〕97号文《教育部关于同意专科学历教育高等学校备案的函》，对江苏省建立江苏商贸职业学院通过了审核备案。学院开始举办高中起点三年制大专教育，同时继续面向全省举办初中起点的五年制大专教育，积极探索以高职带动中职，促进中高职一体化协调发展。