国家级科研平台：

小麦和玉米深加工国家工程实验室

部委级科研平台：

农业部参茸产品质量监督检验测试中心

吉林省大豆区域技术创新中心（吉林农业大学作物研究中心）

农业部北方食用菌资源利用重点实验室

农业部参茸产品质量安全风险评估实验室

动物生产及产品质量安全教育部重点实验室

生物反应器与药物开发教育部工程研究中心

食药用菌教育部工程研究中心

生态恢复与生态系统管理省部共建国家重点实验室培育基地（与东北师大、地理所联合建立）

药用植物栽培与育种实验室

省级科研平台：

农业现代化综合技术研究所

人参工程技术研究中心

吉林省食用菌科技创新中心

吉林省食品生物制造科技创新中心

吉林省主要农作物常规与生物技术育种研发公共服务平台（与吉林省农业科学院合作）

吉林省动物营养与饲料科学重点实验室（建设）

食品生物制造国际科技合作基地

吉林省东北农业生物国际科技孵化基地

吉林省生物医药技术工程研究中心

生物反应器及药物开发实验室

农产品深加工联合实验室

中国粮食主产区农村经济研究中心

天敌昆虫应用技术工程研究中心

食药用菌产业化吉林省高等学校工程研究中心

食品工程及食品安全工程研究中心

吉林省菌类作物工程实验室

吉林省动物微生态制剂工程研究中心

菌类药物实验室

药用植物学实验室

中药化学实验室

药用动物学实验室