省部共建：
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1、黑龙江省生物医药工程重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地（批准2003年主任：杨宝峰）?

2、省部共建教育部生物医药工程重点实验（批准2007年主任：杨宝峰）?

3、省部共建教育部心肌缺血机理与诊疗技术重点实验室（批准2008年主任：于波）?

黑龙江省科技厅：?

1、黑龙江省医学分子生物学重点实验室（批准1999年主任：傅松滨）?

2、黑龙江省肿瘤生物治疗重点实验室（批准1997年主任：庞达）?

3、黑龙江省肝脾外科重点实验室（批准2005年主任：代文杰）?

4、黑龙江省营养与食品卫生学重点实验室（批准2006年主任：孙长颢）?

5、黑龙江省感染与免疫重点实验室（批准2007年主任：张凤民）?

6、黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室（批准2007年主任：李文志）?

卫生部：?

1、卫生部病因流行病学重点实验室（批准1985年主任：孙殿军）?

2、卫生部细胞移植重点实验室（批准2000年主任：周晋）?

黑龙江省普通高校：?

1、哈尔滨医科大学医学遗传学重点实验室（批准2002年主任：傅松滨）?

2、哈尔滨医科大学营养与食品卫生学重点实验室（批准2002年主任：孙长颢）?

3、哈尔滨医科大学药物研究重点实验室（批准2002年主任：杜智敏）?

4、哈尔滨医科大学神经外科重点实验室（批准2002年主任：赵世光）?

5、哈尔滨医科大学麻醉基础理论与应用研究重点实验室（批准2002年主任：李文志）?

6、哈尔滨医科大学病因流行病学重点实验室（批准2002年主任：孙殿军）?

7、哈尔滨医科大学医学病原学（BSL-3）重点实验室（批准2003年主任：张凤民）?

8、哈尔滨医科大学肝脾外科重点实验室（批准2006年主任：代文杰）?

9、哈尔滨医科大学移植免疫基础与应用重点实验室（批准2006年主任：于波 教育部待批）?

10、哈尔滨医科大学神经生物重点实验室（批准2006年主任：李呼伦）?

11、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室（建设中2006年主任：朱大岭）?

哈尔滨医科大学重点实验室：?

12、哈尔滨医科大学血液与造血系统疾病重点实验室（主任：周晋）?

13、哈尔滨医科大学分子影像学重点实验室（主任：申宝忠）?

14、哈尔滨医科大学肿瘤生物学基础重点实验室（主任：张清媛）?

15、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室（主任：朱大岭）