海南医学院办学历史可追溯到1951年私立海强医事技术学校（1947年创建）与由宋子文先生任第一任董事长的私立海南大学医学院（1948年创建）合并成立的海南医学专门学校及建国后续办的海南医学专科学校、海南大学医学部。

学校1994年获准授予学士学位

1996年被国家教育委员会确定为本科教学工作合格学校

2000年实现校本部从海口市龙华路迁移至城西学院路

2003年被国家教育部确定为联合培养硕士学位研究生单位

2004年起相继与北京大学等多所高校联合招收硕士研究生

2006年被国家教育部确定为本科教学工作水平良好学校

2006年开办留学生教育。现为海南省唯一的高等医学院校