1、生物医药研究院

2、胚胎干细胞研究湖北省重点实验室

3、武当特色中药研究湖北省重点实验室

4、湖北省校企共建金银花精深加工研发中心

5、中药材及中药饮片生产技术研究开发中心

6、武当山区道地药材产业化关键技术湖北省协同创新中心

7、湖北省药用植物综合利用工程技术研究中心

8、实验动物中心

9、基础医学研究所

10、医学化学研究所

11、医学信息与图像处理研究所

12、麻醉药理研究所

13、心血管生物研究室

14、病原生物和免疫研究室

15、卫生管理与卫生事业发展研究中心

16、医学人文研究中心

17、生命科学研究所

18、生物医学研究所

19、肝脏外科与器官移植研究所

20、心脏病研究中心

21、临床医学研究所

23、中药药理研究所

22、生殖医学研究所

24、药物分析与筛选研究所

25、中药产业化工程技术研究中心

26、分子医学研究和诊断中心

27、骨科研究所

28、医院管理研究所

30、湖北省脐带血干细胞治疗医学临床医学研究中心

31、国家中医药管理局中医药科研三级（肿瘤）实验室

32、脑卒中筛查与防治基地