澳门科技大学成立于2000年3月, 澳门特区政府行政长官何厚铧颁布「第19/2000号行政命令」授权精英教育发展股份有限公司(Elite — Sociedade de Desenvolvimento Educacional, S.A.)开办澳门科技大学。澳门特区政府以租赁及免除公开竞投方式, 批地151,324平方米供澳门科技大学建立校舍设施之用。成立初期, 由于教学大楼尚未完成, 需租借澳门中华总商会大楼部份楼层作教学之用。 　　

2001年 澳门科技大学得到中国教育部、国务院港澳办公室和公安部的批准和协助，扩大向内地十四个省市招生，大学也是有资格在内地招生的港澳高校之一。 　　

2003年 澳门科技大学获特区政府批准开办国际旅游管理课程。 　　

2006年 3月25日, 澳门科大医院与澳门药物及健康应用研究所成立。同年, 精英教育发展股份有限公司将澳门科技大学的拥有权转予澳门科技大学基金会。