中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城(现上海自贸区临港新片区)。2019年学校成功举行110年校庆系列活动。

 在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。2019年，年度科技总经费达到4亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。

  学校2013年成立中国（上海）自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。中国（上海）自贸区供应链研究院将自贸区建设与供应链研究有机结合，以提升自贸区产业链建设水平，促进自贸区货物贸易向服务贸易的转型发展，同时推动政府监管职能的转变。上海高级国际航运学院采取国际上先进的商学院运作模式，与全球优秀教育机构资源共享，着力打造国内领先、国际知名的航运金融教育品牌，构筑具有影响力的航运高端人才输出基地。

 2008年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等20多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心。中心挂靠上海海事大学，是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，是上海市教委首批建立的“高校知识服务平台”之一。 2014年，市教委将该平台挂牌为“上海市协同创新中心”。

 学校与海外100余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。