南京政治学院前身为中国人民解放军南京政治学校，1977年12月，在江苏省南京市成立。1986年6月，改称南京政治学院。1992年8月，长沙政治军官进修学院转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院分院。1993年6月，南京政治学院分院分离出南京政治学院，改称长沙政治学院。1999年4月，长沙政治学院转隶并入国防科学技术大学。1999年5月，空军政治学院转隶并入南京政治学院。

南京政治学院上海分院前身为中国人民解放军空军军政干部学校，1951年1月，在河南省洛阳市成立。1952年7月，改称空军干部学校。1952年9月，改称空军政治干部学校。1954年9月，学校迁址南京市中和桥，改称空军政治学校。1962年7月，学校迁址上海市五角场。1974年12月撤销，1978年3月重建。1986年6月，改称空军政治学院。1992年9月，整编为空军指挥学院分院。1993年6月，恢复为空军政治学院。1999年5月，转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院上海分院。