大学本部位于重庆，前身是建于1941年的太岳军区卫生部卫生教导队（第七军医大学前身）、1946年的松江军区军医学校和1937年的国立中正医学院（两者为第六军医大学前身），1954年，第六军医大学（南昌）并入第七军医大学（重庆），1975年更名为第三军医大学。士官学校位于河北石家庄，前身是建于1939年的晋察冀军区卫生学校（同年中国工农红军军医学校派出部分师生开赴华北与该校合并），2011年更名为白求恩医务士官学校，2017年改建为陆军军医大学士官学校。边防卫勤训练大队位于新疆呼图壁，前身是建于1947年的西北野战军第二纵队医训队，2016年更名为西部战区陆军综合训练基地军医训练大队，2017年改建为陆军军医大学边防卫勤训练大队。