学校1954年由原第六、七军医大学合并而成。第六军医大学前身系第四野战军医科学校和南昌医学院（前国立中正医学院）；第七军医大学前身系太岳军区卫生学校和第二野战军医科大学。合校后定名为第七军医大学，1969年迁往上海，1975年迁回重庆并由中央军委命名为第三军医大学。