中国人民解放军海军指挥学院 的前身是刘伯承元帅任院长的中国人民解放军军事学院海军系，创立于1952年5月16日。

1957年10月8日，海军系扩建为海军军事学院。

1960年10月1日，学院改称为海军学院。

1973年，中央军委决定在原海军学院院址组建海军军政干部学校。

1978年1月，海军军政干部学校恢复为海军学院。

1986年6月9日，改称海军指挥学院至今。学院成立以来，一直受到党和国家领导人的亲切关怀，毛泽东、刘少奇、朱德、董必武、陈毅、叶剑英等老一辈无产阶级革命家都曾接见过学院干部、学员或来院视察工作。1991年5月20日，中共中央总书记、军委主席江泽民亲笔为学院题写了院名。