1977年12月12日，学院的前身--'中国人民解放军海军第二水面舰艇学校'正式组建，定点于广州市石井镇(原南海舰队石井军械库库址)，占地面积528亩，行使军级权限，直属海军领导。

1983年，校名改为'中国人民解放军海军水面舰艇学校'，

1986年6月9日，学院更名为'中国人民解放军海军广州舰艇学院'。

2004年6月18日，根据中央军委命令，原“海军广州舰艇学院”更名为“海军兵种指挥学院”。