山东农业工程学院食品研究所成立于2009年，是进行食品及农产品采后流通、贮运、加工方面科学研究及技术服务；并负责学院食品相关专业实习实训指导的科学研究机构。主要业务有食品加工技术的应用研究和开发推广、食品检验、食品生产、学生教学实习实训等。下设食品研究室、食品加工实训中心和综合科三个科室。
食品研究所自成立以来，主要致力于农产品加工、微生物发酵食品、营养保健食品研究和开发工作。先后承担了国家“十一五”科技支撑计划子课题“白灵菇采后预处理及保鲜技术研究”、国家星火计划“农产品超细加工关键技术研究”。省科技攻关课题“超细粉碎技术在农产品加工中的开发应用”及省农业科技成果转化项目“超细粉碎技术在农产品加工中的开发应用”、省星火项目“糯玉米新产品加工技术”等十几项国家级、省级课题。申请发明专利3项、实用新型专利1项，SCI、IE收录文章1篇、国家核心期刊发表论文30多篇。获省科技进步三等奖一项。
几年来，研究人员一直致力于农产品加工技术的推广普及和科技成果转化工作。为全省农产品加工企业经理培训班、新型农民培训班讲授农产品加工技术；为食品专业、园艺专业、农技专业学生提供实习实训指导，让学生参与课题实验提高学生的科技创新能力；承担农业科技成果转化项目使科研成果尽快转化为生产力。其中承担的农业科技成果转化项目研发的超细粉食品（如超细粉营养面条、超细粉营养面包、超细粉营养片等）拓宽了农产品资源种类，增加了农产品花色品种，增强了企业的市场竞争力，并且大大提高了农产品资源的利用率，提高了农产品的附加值，具有显著的社会与经济效益。
