安全工程系是黑龙江能源职业学院依托黑龙江省重点专业，根据社会对人才的发展需要所开设的新系部，也是学院实力最为雄厚的院系之一。近年来，安全工程系注重人才引进，陆续从中国矿业大学、辽宁工程技术大学等知名院校引进一批优秀青年硕士毕业生，另聘请多位企业专家作为客座教授，整体师资水平相对较高。
安全工程系现有矿井通风与安全、安全技术与管理两个专业，其中安全技术与管理专业为黑龙江省重点专业。
安全技术与管理专业在掌握安全科学、安全工程及技术的基础理论、基本知识、基本技能与安全技术工程师基本素质的基础上，培养从事企、事业、工厂、通风、除尘、空调与安全技术工程研究、设计、检测、安全评价、监察和管理等工作的高级工程技术人才。安全技术管理专业培养的人才主要在化工、电力、城建、民航、交通、保险以及政府单位等企事业部门中从事安全科学研究、安全技术开发、工程设计等安全管理工作；也可以在安全监察、安全教育培训机构等从事安全监察、教育与培训等相关工作；还可以在消防、救援等单位从事抢险救援等工作。
安全工程系依托职教集团建设的行为安全训练中心，该中心配有国家二级心理咨询师专业教师，目前配备了行为安全训练室、生理心理指标测评室、身心压力调解室等场所。行为安全训练中心可以对企业员工进行安全培训，也可以对企业员工进行行为安全测试，增强员工在工作和生活中的积极性、主动性、自发性，并对有事故倾向性的员工进行心理调节和行为矫正。
通过职业技能鉴定培训点、职业训练院、继续教育院等资源，安全工程系可以承接企业的职工培训工作及继续教育工作，专业教师可以参与企业的项目研发和技术服务等工作。与企业建立良好的双方支援体系，互惠互利，互相支持，帮助企业进行项目研发和技术服务对企业的员工进行职工培训和继续教育。
