医学系是汉中职业技术学院培养医学人才的专业系部，现开设有临床医学、口腔医学、口腔工艺技术等专业，在校生人1261人。医学系曾荣获省级教育系统为创佳评差最佳单位、市级“红旗团总支”等多项光荣称号。临床医学、口腔医学专业均为省级重点建设专业。口腔医学专业于2003年受到卫生部华夏基金资助，是学院首个省级重点专业、骨干示范专业；临床医学专业开办于1986年，是学院办学历史最长的大专专业，曾长期和西安交通大学、第四军医大学联合办学，2010被确定为省级重点建设专业， 2012年被教育部、财政部确定为“提升专业服务发展能力”建设专业，获得中央财政支持的440万元。
本系现有教职工35人，其中副高以上职称教师12人（副教授11人，教授1人），中级职称教师13人，研究生学历教师6人， 26人为双师型教师。内科教研室主任高自建老师曾荣获国家人事部、教育部、全国教育工会授予的“全国优秀教师”称号，系主任吴昌是陕西省棋牌网页游戏平台 名师，口腔医学教研室主任刘建东副教授是省级教学团队带头人。医学系现有5项院级科研项目；1项在研的省级科研项目；1项科研项目结题后被认定为“国内先进水平”。
两个医学类专业实践教学课时数均达到总学时的50%以上，校内外实训基地完全能够满足学生实践的需要。校外实训基地有40多所，均为二级甲等以上医院，主要分布在汉中、西安、四川等地。学院还将利用德国贷款中的3000万元人民币，在校内倾力打造一座以“高科技、仿真性”为主要特征的医学实训基地。
