长白山职业技术学院药学系始建于2008年2月，其前身为二十世纪五十年代创建的吉林省中医药学校中药专业，发展历史悠久，师资储备充足、实践教学设施设备齐全、课程体系构建合理，几十年来，为白山区域及周边地区的中药生产企业培养了数千名从事中药生产工艺操作、生产管理及药品营销等工作的药学专门人才。
近几年来，药学系一直坚持工学结合、校企合作的办学理念，始终强调人才培养的职业性、实践性和开放性，其中课程内容与职业标准的衔接体现了人才培养的职业性；校内认知性实验、生产性实训和顶岗实习，体现了人才培养的实践性；校企联合办学则体现了人材培养的开放性。
2011年，药学系申请到中央财政扶持资金320万元，学院投入300万元，建设了实用面积近三千平方米的实验、实训基地,增添了设备设施，总价值达一千万元，建立了融教学、培训、研发为一体的实训基地。
目前，药学系正进一步深化校企合作，通过提供技术服务和相应设备，已初步与长白山修正药业集团股份有限公司和白山市永利药业股份有限公司共建了中药制药生产性实训基地和药品检验、化验实训基地，基本实现了教学过程与生产过程、课程内容与职业标准对接，提高了人才培养质量。
药学系重视传统中医药研究，依托白山市科技局、白山市科研所入孵白山市科技中小企业孵化中心，搭建了集“政、产、学、研、市”的科研交流平台，其中有9项科研课题已被选入白山科技发展项目库。
2015年药学系利用地域优势,参加了第四次全国药用植物资源普查之吉林省浑江区代表区域中药资源利用保护项目，这一项目，得到了省、市、院领导的高度重视和赞赏，同时也为域内中药资源保护及可持续发展提供了技术支撑。
药学专业，特别是中药学专业，是我国古代优秀文化遗产的重要组成部分，我们有理由相信，在学院党委的正确领导下，药学系会培养出更多适应行业发展的高素质技术技能人才，更好的服务于地方经济发展。
