福建省植物病毒学重点实验室是1994年7月由福建省科委立项批准、依托福建农林大学植物病毒研究所的省级重点实验室，1996年12月通过验收正式成立。
重点实验室主要目标是为解决亚热带重要植物病毒的诊断、监测和病害控制的理论问题和关键技术开展科学研究，并为培养高层次、高素质、高水平科技人才服务。现已形成植物病毒、天然产物和植病经济学三个紧密联系、相互依托和相互促进的研究方向，其中以植物病毒学方向最具特色，特别是水稻病毒的研究处于学科发展前沿，是我国植物病毒研究最为活跃的群体之一，在国内有重要学术地位，在国际上也有较大影响。目前承担国际合作项目、国家973重大基础研究项目、农业公益性行业科研项目、科技部科技基础性工作专项项目、国家自然科学基金、省部重点科技计划项目和横向项目等28项，先后获省、部级科技进步奖11项，其中一等奖2项，获省教学成果一等奖1项，国家精品课程1项。
实验室现有固定研究人员15名，其中高级职称7名（含中科院院士1名，博士生导师3名），现有在学博士生22名，硕士生42名，博士后3名。已培养出3名博士后、36名博士，其中林含新博士学位论文被评为全国百篇优秀博士论文。重点实验室已成为我省高素质人才培养的重要基地之一。
实验室拥有较完善的病毒分离纯化、病毒理化性质、病毒分子生物学、病毒生物信息学和生物活性物质的化学生物学研究平台, 具备较先进的仪器设备和配套研究设施，是我省对外服务的一个重要窗口。
