学校始建于1962年，前身为喀什师范专科学校，从建校到1978年的16年间，是自治区5所高等院校（新疆大学、新疆工学院、八一农学院、新疆医学院、新疆喀什师范专科学校）中唯一一所高等师范院校，在新疆特别是南疆基础教育、社会稳定和经济发展方面发挥了不可替代的重要作用。 

1978年升格为本科院校，更名为喀什师范学院。2003年获得硕士学位授权单位资格。2007年在教育部本科教学水平评估中取得了优秀成绩。2012年，被列为中西部高校基础能力建设工程高校。2015年4月，更名为喀什大学。2016年6月，被确定为全国100所转型发展试点高校之一。1994年、2009年，先后两次被国务院授予“全国民族团结进步模范集体”光荣称号；2014年，中国语系被国务院授予“全国民族团结进步模范集体”光荣称号；2022年，被评为“自治区民族团结进步示范学校”。