吉林省高等学校农产品深加工重点实验室依托于吉林农业大学，隶属吉林省教育厅。本实验室主要涵盖食品科学与工程、园艺、作物学、农业环境科学与工程、作物生物技术等一级学科，包括食品科学、农产品加工及贮藏工程、粮食油脂与蛋白质工程、果树学、蔬菜学、作物栽培学、作物遗传育种学、农药学、土壤学等二级学科。
本实验室主要研究方向为食品科学与技术、果蔬等特色农业资源保鲜与加工、粮油科学与工程、农产品安全生产与质量控制。研究内容是以玉米、大豆、特色水果蔬菜等优势农产品资源为主要研究对象，对农产品从田间到餐桌的环境安全、高产优质、采后生理、质量检测、新产品研制、精深产品加工技术、品质评价、综合利用、特效成分提取、营养与安全、机械与包装设备应用等进行开发研究。其研究特色是依靠食品工程学院董事会办学体制，加强与农产品生产与加工企业合作，实现农产品加工原料的区域化、标准化，农产品深加工产品的规模化、品牌化、安全化生产。
本实验室建设的目的在于创建一个以开发高附加值产品为目标，以农产品高产、优质、无公害安全生产及深加工过程为技术载体的理论研究与技术开发平台。
实验室建设有利于生态省建设；有利于提高农产品生产安全性和农产品质量，提高农产品市场竞争力，增加农民收入，促进绿色生态型农产品加工基地建设；有利于高等学校科技创新能力建设、学科建设和人才培养，对于促进我省的食品科学研究水平提高，促进我省农产品、食品加工业的发展和水平提升。
目前国外在本领域中主要应用了农产品基因育种、分子生物学、液质谱分析、气调保鲜、二氧化碳超临界萃取、膜分离、色谱分离等技术对农产品生产、有效成分提取、分离，生产餐桌食品及功能性食品。国内目前在本领域中主要开展了对农产品原料的贮藏保鲜研究，基因育种研究、光合动力研究、农药及重金属快速检测研究、天然食品加工技术研究，活性成分的提取分离及功能性食品的开发研究。
实验室紧紧围绕为国家和地方经济建设服务的办学宗旨，重视科学研究和科教兴农工作，在农产品安全生产与质量控制方面研究具有较好的工作基础，特别是在寒地小浆果、土壤培肥、农残检验、基因育种、野生动植物功能食品等方面处于国内领先水平，取得了显著的科研成果。
学术带头人胡耀辉教授学术思想活跃，研究成果显著。科研队伍配备合理。
实验室可独立开展各类科学研究，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行依托单位领导下的实验室主任负责制。本实验室的研究方向来源于所覆盖各学科的研究领域，同时所覆盖各学科具有的软、硬件条件可成为本实验室的有利支撑。
