学校前身是1978年创立的甘肃中医学院；1989年，学校在甘南州卫生学校藏医学专业基础上创办藏医系，逐渐发展为具有硕士学位授予资格的藏医学院；2014年，定西师范高等专科学校整体并入；2015年，学校正式更名为甘肃中医药大学；2017年,和平校区一期项目部分完工并投入使用；2018年，教学及行政整体迁入成为办学主校区，并顺利通过教育部本科教学工作审核评估。