赣南医学院图书馆现有章贡和黄金两个馆区，面积共15931.4平方米。全馆纸质图书藏书量上百万册, 纸质期刊种类一千多种，拥有中、外文数据库数十余个，拥有赣州及周边地区最权威、最齐全的医学类资料，形成了以医学为主，兼顾人文社会科学、理学、工学的合理馆藏结构，为教学、科研、医疗和研究生教育提供了信息资源保障。
在黄金馆区率先开展藏、借、阅、咨一体化的“一站式”服务，设有文献检索室、研修室、阅览吧台、电子阅览室、存本图书阅览室、教工阅览室、学生阅览室、自习室等千余个阅览座位。黄金馆区设有自助借还书机、馆藏书目查询机、报刊阅读机、歌德电子借阅机、自助文印机、自动报警门禁系统等现代化设备，为广大师生读者营造了良好的阅读和研修环境。
