新疆医科大学免疫学与病原生物学基础研究实验室主要由新疆医科大学 微生物教研室、免疫学学教研室和人体寄生虫教研室的教师和实验技术人员以优势互补的原则有机结合而组建，实验室以新疆地区性特高发传染病为切入点，进行有针对性的病原生物学和免疫学基础机制研究，研究内容与保障人类健康息息相关，应用基础及应用成果将直接服务于患者，对于防治严重危害人类健康的传染病和未来反侵略战争及反恐怖活动等都具有重要的现实意义。
2010年病原生物学成为自治区重点学科，2013年成立自治区教育厅的重点实验室。
实验室共4个研究室（分子和细胞免疫研究室、细菌免疫研究室、病毒免疫研究室、寄生虫免疫室），包含10间实验室，约1500㎡，具备开展免疫学、病原生物学和分子生物学研究的基本设备，设备总价值1800余万元，其中本学科相关仪器设备总价值1100余万元，能够开展研究可以涉及分子免疫学等，初步建立了分子免疫学、分子病毒学、包虫病学的相关研究实验平台，满足校内外教师和研究生的科研工作，同时也对外开展服务与合作交流。
实验室研究队伍中有博士生导师4人，硕士生导师12人，共培养硕士生55人，培养博士研究生10人。2007年免疫学硕士点获得自治区优秀硕士点。研究生在学期间发表论文70余篇。先后有4人获自治区优秀硕士论文。指导了19项本科生科研创新和设计项目，获得全国大学生设计创新项目比赛一等奖1项、三等奖3项。实验室在包虫病基因型和基因工程疫苗、艾滋病的防治和结核病机制与诊断技术等特色性研究方面均已取得了多个研究成果，多年来累计承担包括1项国家863计划子项目，20项国家自然科学基金，2项教育部春晖计划项目，1项科技支疆项目，5项自治区自然科学基金，6项自治区高校科研项目，6项实验室开放课题，共41项，科研经费732.5万元。3年来以第一作者或通讯作者发表高水平科研论文88篇，其中国际和国内会议发表6篇(EI收录1篇)，SCI收录19篇(总影响因子29.28)， CSCD核心期刊收录63篇。编写并出版国家级规划教材16部。申请专利2项。
