农业科学系的前身为创办于1934年的福安农业职业学校，有78年的办学历史，曾培养出诸如吴振铎、林乃铨、郭吉春等众多的农业优秀科技人士，校友遍布海内外，影响深远。
农业科学系目前开设的专业有“茶叶生产加工技术”、“食品生物技术”、“园林技术”、“园艺技术”、“设施农业技术”。系部以培养高端高素质技能型人才为目标，坚持工学结合人才培养模式，深入开展校企合作，毕业生深受欢迎，就业率连续多年保持在98%以上。
农业科学系拥有一支高学历、高素质的师资队伍，其中郭剑雄副教授为省教学名师；副教授17名、讲师12名；有硕士（含在读硕士）10名；双师素质占专任教师总数75%，企业兼职教授20名。2010年茶叶专业、园艺技术专业教学团队被评为院级教学团队。双师素质优异，双师结构合理。
农业科学系拥有一个集实训、科研、对外服务为一体的校内实训基地。下设茶艺实训室、茶叶审评实训室、茶叶加工实训室、农产品质量检测实训室、农产品加工实训室、植物生产实训室、组织培养实训室、植物保护实训室、植物环境实训室、植物与植物生理室、花卉生产基地和茶叶生产基地等，在教学计划开发中，注重以能力为本位，优化课程体系，突出素质和技能教育，学生在校学习期间可获得多项技能证书，如高级茶叶加工（三级）、高级评茶员（三级）、高级花卉园艺工（三级）、高级茶艺师（三级）。本系具有完善的茶叶、园艺职业培训条件，能够满足各个专业实践技能的训练要求，同时实施科技开发与队伍服务，每年对外培训人次近2000人次。在福建隽永天香茶业有限公司、福建坦洋工夫茶业股份有限公司、福建省农科院茶叶研究所、福建春伦茶叶集团有限公司、福建品品香茶叶有限公司、泉州市泉美生物科技有限公司、宁德市农业科学研究所、宁德市益智源农业开发有限公司、福安市园林管理服务中心、福建鼎森科技有限公司等建立校外实训基地。
农业科学系坚持教学与科研并重，积极参与海峡西岸经济建设，承接和完成多项教、科研课题，如福建省农业科技项目《新型缓控复合肥在茶园上应用研究与推广》、《茶树病虫害综合防治及其多媒体数据库研究》、《生态茶园种绿肥与病虫生态调控技术的研究与示范》等，正在承担科技服务与开发项目8项，同时开展教改研究，省级精品课程《茶树病虫害防治》（2009）和《果树生产技术》（2011）,出版教材4部，公开发表论文100多篇。
毕业生双证书获取率100%，2009年我系朱丽萍、范文虹参加全国农业高职院校技能大赛,分获种子质量检测二等奖、艺术插花一等奖，2010年宋海燕参加全国农业高职院校技能比赛获种子质量检测三等奖，2011年麦谷、潘红参加福建省高职组植物组织培养技能大赛获三等奖。
