临床医学系有近半个世纪的办学历史，面向城镇社区和农村基层医疗卫生机构，培养具有必备的临床基础理论和专业基础知识，熟练掌握各专业领域实际工作的基本能力和基本技能的医疗卫生人才。能够提供全日制学历教育，可以开展职业培训和国际教育,是“重庆市临床医学基层医师培训基地”。现有专业包括临床医学（含皮肤性病学方向、妇幼保健方向、全科医学方向）、口腔医学等专业，现有在校学生1000余名。
临床医学系现有教师84名，其中教授（主任医师）6人，副教授（副主任医师）26人，中级职称24人，硕士学位教师9名。校级学科带头人1名。现有直属附属医院1所，非直属附属医院5所，教学实习医院30余所，能满足学生临床见习和实习需要。
临床医学系现设6个教研室：内科教研室、外科教研室、妇产科教研室、儿科教研室、皮肤性病科教研室、五官科教研室。组建有“临床实训中心”一个，下设外科更衣洗手室、模拟手术室、动物手术室、多媒体诊断实训室、临床综合技能实训室、心肺复苏实训室、临床急救实训室、检体实训室，共10余个实训基地。实训设施设备价值约300余万元。临床医学系高度重视实践教学，通过早期接触临床、课内实训、充分开发实验实训室、临床见习、岗前技能培训、技能大赛、社会实践活动、临床实习等多种方式反复强化学生职业能力培养。
