1991年，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处副处长曹勇安创办了民办黑龙江东亚大学。1993年黑龙江东亚大学合并工厂职工大学后，于1993年12月25日与工厂签订了分离合同，走上了一条“自主办学，自担费用、自我完善、自我发展”的民办教育发展之路，开启了全国“公转民”办学体制改革的先河。2001年3月，学校成为黑龙江首批高职院校之一， 校名为齐齐哈尔职业学院。2011年，学校经教育部批准升格为普通本科高校，更名为齐齐哈尔工程学院，成为齐齐哈尔市第一所市属本科大学。2020年，学校顺利通过国家本科教学工作合格评估。

2015年1月，学校发起成立全国性的应用型课程建设联盟；2016年4月，联盟与教育部学校规划建设发展中心共同成立课程建设研究院（现更名为课程建设协同创新中心），课程建设协同创新中心通过组织产教融合课改实验、师说课改、应用型课程建设大课堂等活动，为推进全国应用型高校课程建设发挥了积极作用。