学校前身为创办于1934年的湖南国医专科学校，1960年设立本科院校——湖南中医学院，1965年省中医药研究所整体并入（1972年重新恢复独立建制），1990年原湖南科技大学成建制并入湖南中医学院，2002年与湖南省中医药研究院合并（2022年省中医药研究院恢复独立建制），2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学，2012年进入湖南省一本招生序列，2018年入选湖南省高等学校“国内一流建设高校”，2022年入选湖南省“双一流”建设高校。2020年入选湖南省“三全育人”综合改革试点校；2022年获评全省高校党建工作“示范高校”；2023年荣获“湖南省五一劳动奖状”。2023年，学校高质量完成教育部本科教育教学审核评估，实现办学定位从应用型高校向学术型高校的跨越发展。