福建医科大学图书馆始建于1937年，经过八十多年人文与历史的积淀，伴随着学校的建设和发展，图书馆不断完善基础建设和服务工作，现代医学文献资源得天独厚，已形成面向我校教学、科研和医疗等服务的现代化图书馆。目前，内部管理机构设有办公室、采访编目部、流通阅览部、技术服务部、参考咨询部、阅读推广部、医学文献检索教研室等部门，校学报编辑部挂靠在图书馆，负责编辑出版《福建医科大学学报》和《福建医科大学学报（社会科学版）》。图书馆现有正式职工32人，其中党政人员占9％，业务人员等占91％；高级职称4人、中级12人、初级以下16人；硕士15人、本科12人、大专以下5人，本科以上占84%。
学校图书馆分别由上街校区图书馆、台江校区图书馆、四所直属附属医院（附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院）分馆三个部分组成，总建筑面积达2.65万平方米。截止2018年12月31日，馆藏纸质图书总量138.35万册，电子图书292.49万种（其中本馆1042936种、附属第一医院分馆10000种、附属第二医院分馆72000种、附属口腔医院分馆1800000种）；截止2018年12月31日，馆购数据库共70个（按2017年教育部新规：每个子库算为一个数据库），其中包含CNKI、万方、维普等中文数据库39个，OVID外文医学检索平台、LWW医学全文期刊、EBMR、BP、FMRS、牛津、海量外文图书等外文数据库26个，自建库3个，附属医院数据库2个。数据存储容量总计近60T。校本部图书馆1991年4月被国家卫生部教育司确定为全国医学图书馆文献资源共享网络系统省级中心馆。
图书馆为全校读者（含附属医院读者）提供印刷型和数字化文献信息服务，所有数字资源实现24小时开放；提供书刊借阅、文献复制、远程传递、检索查新、参考咨询等服务；开放研修室10间、多媒体阅览室（110m2）供教职工及研究生学术研究、学术讲座、学术沙龙等活动服务；承担医学文献检索教学和学报编辑、出版、发行等工作。图书馆现采用北京创讯未来软件技术有限公司研制的Melinets图书馆管理系统，纸质书刊采购、编目、流通等环节实行自动化管理，两个校区图书馆自动化管理对接互联运行，并实现两校区图书馆通还通借服务，近年来新增了移动图书馆、完善了opac（Open Public Access Catalogue，开放的公共查询目录）等相关功能，方便了广大读者需求，提高了图书管理与服务效率。
图书馆每年度积极开展以“阅读推广、迎新教育”为主题的校园文化活动。上半年以“4·23世界读书日”为依托开展“读书月活动”，下半年以推广提升本馆文献资源使用为目标，通过“数字资源宣传日”“新生入馆教育”“新师资入职培训”形式，开展“迎新一小时”系列活动。
图书馆重视科研活动。2018年,我馆申报并获批2018年度福建省中青年教师教育科研课题4项，申报并获批福建医科大学妇女理论研究课题1项,申报并获批福建省图书馆学会2018年科研课题1项。图书馆还鼓励并支持在职员工继续教育培训，以提高馆员综合素质和整体服务水平。
图书馆在校党委、校行政领导下，认真贯彻为学校教学、科研、医疗管理服务的宗旨，锐意改革，夯实基础，加强管理，开拓创新，扎实推进各项工作，为建设成为海峡西岸经济区医学文献信息中心的目标而努力。
