2005年底，国际知名分子药物学家、国家科技部科技发展战略专家、北京协和医学院荣誉教授、归国学者许瑞安教授回到故乡闽南华侨大学任教，12月1日受命组建华侨大学分子药物学研究所，为分子药物学研究所首任所长，并以所长身份出席在深圳召开的国际学术会议，揭开华侨大学药学学科建设序幕。
2006年，分子药物学研究所招收首批药学研究方向的博士生2人、硕士研究生4人，共6人，初步形成一支药学研究队伍的雏形。华侨大学校领导十分关怀、重视分子药物学研究所的发展，同年12月6日正式下发文件宣布分子药物学研究所正式独立，定位为华侨大学校直属领导药学科研与教学机构。研究所成立伊始，只有化工楼514与519两个房间，条件非常艰苦，首届研究生在攻读学位的同时，还要参与协助开展研究所的日常工作，工作强度和学习压力都非常大，但是这支年轻的队伍越是艰难越向前。
2007年元月由许瑞安教授领军、带着学校的期待、带领6位研究生，正式受命参与国家科研团队竞争的洪流，领衔正式申请国家教育部分子药物工程研究中心。同年4月刁勇教授加入药物所团队，并任副所长。2007年8月15日，教育部根据许瑞安教授的申请报告，组成工程中心专家组到华侨大学实地考察，召开可行性论证会。同年10月16日国家教育部正式下函（教技函[2007]72）批准以许瑞安教授为负责人的分子药物教育部工程研究中心正式立项建设，从此华侨大学在办学史上有了首个国家级工程研究中心。自此，分子药物学研究所的分子药物、中药制剂、海洋药物三大研究平台正式成为药物所的主要发展方向并纳入工程中心的建设体系。学术定位于面向国际科技前沿和我国生物医药现代化建设，围绕重大分子生物医药科技问题，开展创新性研究，培养创新性人才，促进学科交叉和学术交流。
2008年5月 分子药物学研究所独立招收高分子化学与物理、生物化学与分子生物学、微生物学 3个专业的硕士研究生19名。
2008年8月刁勇、许瑞安教授的“肺癌靶向性广谱基因治疗药物的临床前研究”获得国家科技部863计划专项，资助268万。
2009年7月 分子药物所申报生物工程专业硕士点，得到教育部的批准。药物所的研究生培养从全日制向多样化发展。
同月新疆医科大学张慧副教授申报国家教育部武汉骨干教师培训中心，被国家教育部录取到我校深造，指导教师为许瑞安教授，成为我校第一个由教育部批准高级职称的进修教师。自此我校正式成为国家教育部培养、训练国家高校骨干教师的高校之一。
2009年，华侨大学正式划拨原化工楼南侧2-5楼（面积2000平方米）建设分子药物学研究所分子药物、药剂与中成药平台。全面装修后，药物所以崭新的面貌迎接教育部工程中心的验收，厦门校区生物化工大楼9楼1200平方米为海洋药物平台用房。与此同时原化工车间改装为分子药物中试基地，亚泰制药有限公司也为药物所提供了中药制剂中试基地实验场所。
2009年5月，分子药物学研究所独立招收高分子化学与物理、生物化学与分子生物学、微生物学 3个专业的硕士研究生35名。博士生 2名。该年度研究所有了第一批博士毕业生2名，硕士研究生4名。 与此同时专业教师的队伍增加至12人，均拥有国内外药学或相关学科的博士学位。
2009年 8月刁勇教授的“防治肺癌及转移性肺癌的基因药物rAAV-Kal的优化”获得国家重大新药创制专项资金。
2009年九月刁勇教授、邱飞博士、王启钊博士共获得3项国家自然资金。
2009年10月研究所与新西兰皇家科学院资深研究员林俊生博士的“核糖开关的识别与应用”课题获得国家科技部与新西兰科工部联合立项。
2009年10月，分子药物所与中侨集团、亚泰制药一道，成功申报“福建省医药生物工程研究生教育创新基地”，正式成为福建省高校60个培养研究生的最重要的基地之一。
目前，分子药物学研究所拥有基因工程、细胞工程、生物医学工程、分子药理学、中成药、中药制剂、药物分析、药物化学、免疫学、细胞生物学技术、病理与动物模型、药剂学、基因药物学实验室以及天然药物和海洋药物研发中心，研究方向全面同步展开。
