本实验室是依托中国高等中医教育的奠基者承淡安学部委员创立的南京中医药大学中医针灸学科建立的，最早起源于1982年建立的针灸研究室。1994年，经省政府批准成为江苏省针灸学重点实验室，于2002年通过验收，成为本领域第一个省级重点实验室。2008年经教育部批准，成为针药结合教育部重点实验室（省部共建）。
目前，实验室面积3000平方米，大型仪器设备40台套，可以开展针灸、针药效应的行为学、生理学、药理学、药代动力学、形态学、分子生物学、表观遗传学的研究工作。现有针灸学，生物学，药理学等多学科背景的专兼职研究人员20余人。
实验室主要从四个方面开展研究及建设工作：一是构建针灸研究现代知识体系，利用研究成果编著出版学术专著；二是开展针灸治疗代谢性疾病的临床规律及机理研究，研究成果获得省科技进步二等奖；三是开展针药结合治疗抑郁症的临床及针刺促进抗抑郁药物快速起效的机制研究，研究成果获得省科技进步三等奖；四是率先建立针药结合效应的表观遗传学研究平台，在国际上发表了第一篇解析针灸调节效应表观遗传学机制的研究论文。
