依托大连海事大学环境系统生物学研究所，该研究所成立于2004年底，由交通运输部专项投资建设，并于2006年被评为辽宁省重点实验室和开放测试中心，2008年被评为“211”三期重点建设学科，2010年被国家科技部授予海湾生态污染监控国际合作研究基地。
研究所的学科定位是研究环境与生命物质相互作用的机制，开发生物学的预警预测、防护和修复相关的技术。以之为主线，建设集“环境分析和监测（空间和海洋）、引起模式生物材料改变的系统生物学信息获取、高通量生物信息数据分析预测和功能挖掘与环境生物学效应预警预测”为一体的高水平科学研究、人才培养和技术开发的平台。该平台围绕着环境和生物的学科定位，组建了由国际知名专家为学术带头人的多学科交叉队伍。这些交叉队伍有：大连海事大学国际持久性有毒物质联合研究中心、海洋污染微流体芯片国际联合研发中心、纳米流体脉动热管技术在生物学应用研发中心和生物信息学中心。目前的主要研究领域为：，海洋污染监测和生态评估，微流体生物芯片分析技术，空间生物学，生物信息学和海洋生物冷冻技术等。目前的研究方向为：
基于模式生物对环境污染的生物学效应，评估空间环境、大气和近海岸污染（无机/有机/放射性/纳米污染物）等复合效应的研究；
模式生物对有害环境响应的基因组、表达组、蛋白质组和代谢组的获取和分析技术；
有害环境对模式生物不同世代遗传学和表观遗传学影响的研究；
太空辐射和微重力等空间环境生物学效应机制的研究；
生物体对环境污染修复的分子生物学机制研究；
有害环境的系统生物信息学分析技术；
开发微流控生物芯片在环境生物学效应中的分析和监测技术；
研究纳米流体脉动热管技术在生物组织、细胞冷冻保存的应用。
围绕着本所学科建设的定位，与我校环境科学、计算机科学、流体力学和物理学方向的教授交叉组建了生物物理学科队伍22人，其中教授7人、副教授6人、讲师6人，实验员1人，试验田技术员2人；目前具有高通量的基因组，蛋白质组分析系统，生物信息学分析系统，细胞分子生物学分析系统，和可以培养各种模式生物材料如人工气候室、植物温室、标准动物房、斑马鱼缸和果蝇培养等功能齐全的现代化生物实验楼。
在空间生命科学领域，被国际空间研究委员会(COMMITTEE ON SPACE RESEARCH，COSPAR )聘为MSO（Main Scientific Organizer）主持空间生命科学（Life Sciences as Related to Space）的F4.6 （Space Environment Effects on Systems Biology, Monitoring Using bio-Informatics）专题。承担国家载人航天辐射生物学发展规划的论证工作。
在环境科学领域，国际持久性有毒物质联合研究中心中心在环境有毒物质痕量分析检测方面具备国际一流水平，被联合国环境规划署（UNEP）选为其持久性有机污染物（POPs）定点实验室(UNEP POPs Laboratories)，并已经加入UNEP POPs的质量保证与质量控制(QA/QC)体系。UNEP定点实验室包括在POPs研究中世界顶尖实验室。
主持国家自然科学基金、 863项目、国家支撑计划、辽宁省、大连市和载人航天专项。近五年共主持国家863、国家基金委、科工委、载人航天、省市等项目23项。在环境科学博士点和生物物理硕士点招生。在读博士生8人，硕士研究生30人。发表论文60余篇。
