国土资源工程系是江西应用技术职业学院的传统特色系，它的前身是地质专业科和测绘专业科，均创建于1973年，1999年合并，设立国土资源工程部，2002年随着学校的升格改为国土资源工程系。
现设有国土资源调查、测绘信息技术、土地资源管理、国土规划与测量、宝玉石鉴定与加工等专业。
该系现有测量工程研究室、矿产地质研究室、数字化测图实验室、测量仪器实验室、遥感实验室、普地构造实验室、古生物实验室、地史实验室、矿物实验室、岩石实验室、矿床实验室、磨片选矿实验室、宝石加工实训室、宝玉石综合鉴定实验室和青塘实习基地共十几个实验实训室。
2001年受教育部的委托，主持开发了国土资源调查专业（教育部确立的全国80个重点专业之一）的教学计划、教学大纲，主编了该专业的全国规划系列教材（共8部），并于2003年出版发行。近几年在全国、省部级刊物上发表论文48篇，学术专著3部，出版教材20余部（其中包括国土资源调查专业21世纪国家规划教材8部）。每年都有多名教师被邀请参加国际国内学术会议。
为了适应教学科研的需要，现有全站仪20台套、GPS全球定位系统三台套、手持GPS 16台、测图精灵1台等现代高科技产品。建有完备的数字化测图实验室、测量仪器实验室、大型计算机房一个、遥感实验室、地史古生物实验室、矿物岩石实验室、矿床实验室、找矿实验室、磨片实验室、宝玉石加工实训室、宝玉石综合鉴定实验室等。
