水利水运工程实验室以河海学院的水利水运实验中心与校属二级研究机构（西南水运工程科学研究所）组建而成，是我国主要的水利水运工程科学研究和人才培养基地之一。河海学院水利水运实验中心占地2.2万平米，是交通部“七五”期间重点投资的专业实验室。
西南水运工程科学研究所是交通部在西南地区设立的唯一大型水运科研所，1986年并入重庆交通大学。2000年水利水运工程实验室被认定为重庆市重点实验室，2007年被评为省部共建教育部重点实验室。
实验室通过“七五”到“十五”期间的投入，已经成为我国高校中规模最大的水利水运科技创新基地和人才培养基地，占地约120亩，建筑面积共18310平方米，拥有PIV粒子成像测速仪、激光颗粒粒度分析仪、ADV流速仪,小尺度船模试验测试系统、GDS动三轴试验系统、连续面波测试系统、地质雷达测试系统、岩土工程监测系统等各类先进仪器设备936台套，设备总值2400万元，自行开发的HD-4电脑流速仪获国家发明奖。
目前实验室下设航道工程、渠化工程、港工结构、枢纽通航、仪器设备、工程仿真、水工建筑物诊断技术、岩土工程等8个研究室。拥有港口工程实验厅、航道整治实验厅等七个大厅，并拥有占地面积约4万平米的大型露天实验场及大型的清浑水供回水系统。
实验室现有港口海岸及近海工程博士点、水利工程一级学科以及岩土工程、自然地理学等7个硕士点，具有水利工程领域工程硕士专业学位授予权，港口、海岸及近海工程为重庆市重点学科。实验室拥有一支职称、年龄、学历结构合理的水利水运专业队伍，实验室现有教授18人，副教授21人，有全国知名专家、新世纪“百千万人才工程”国家级人选、重庆市学术技术带头人。
重点实验室结合重大工程项目和地方经济建设开展研究，先后承担了国家自然科学基金、国家春晖计划、国家“八五”、“九五”、“十五”科技攻关项目、西部交通建设重大项目、教育部重点项目及一大批省市重点科研项目和横向协作项目。
在山区航道整治技术、内河港口设计理论、水利枢纽通航理论及应用、库区及内河港口综合治理、水工建筑健康诊断技术等方面形成了鲜明的特色和明显的优势。
近五年，共承担科研项目研究482项，其中省部级及以上项目52项、国家及省部级重大工程科研项目105项，科研经费达到1.25亿元；获国家科技进步二等奖1项，省部级科研奖29项，发表论文435篇，其中SCI、EI、ISTP收录72篇, 出版学术专著和教材21部。
