福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室（集美大学）是福建省教育厅2006年批准筹建的福建省高校重点实验室之一，依托集美大学建设；2008年7月实验室通过福建省教育厅组织的专家验收。实验室拥有水产养殖学、水生生物学、渔业资源学、食品科学和微生物学等五个学科硕士授权点，以及一个农业推广硕士专业（渔业领域和食品加工与安全领域）。目前实验室拥有研究和技术人员43人，其中教授19人、副教授12人、讲师 6人；其中博士23人。
实验室现有使用面积达3000平方米，拥有价值2000多万元的仪器设备，其中包括透射电子显微镜、全自动DNA测序仪、生物芯片点样机、荧光芯片扫描仪，荧光定量PCR仪、全自动遗传分析仪、全自动生化分析仪、厌氧培养系统，全波长酶标仪、冷冻干燥机、高速冷冻离心机、高效蛋白纯化装置、ICP液质联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、氨基酸分析仪、流式细胞仪、总有机碳分析仪、荧光分光光度计、离子色谱仪、双向电泳系统等大型仪器。
实验室的主要四个研究方向分别是：（1）水产经济动植物养殖与病害防治的研究；（2）水产经济动植物遗传改良与重要功能基因的研究；（3）水产动物的营养需求与环保型绿色饲料研究；（4）水产食品安全研究。近年来，在坛紫菜种质资源研究、大黄鱼优质抗逆品种培育、鳗鱼药残控制技术与环保高效配合饲料研究、鲍健康苗种生产及其养殖技术的研究与开发、鲆类病害防治和免疫活性配合饲料的研究以及水产食品安全等方面的研究取得了重要成果，产生了良好的社会、经济和生态效益。实验室科研成果共获得了7项福建省科学技术进步奖，其中一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项；共获得了2项厦门市科学技术进步奖，其中二等奖1项，三等奖1项。实验室申请了10多项发明专利，目前已获批3项专利。
实验室将围绕福建省水产养殖业出现的热点和难点问题，结合国际发展前沿，不断凝炼、提升研究方向和创新目标，积极承担国家、部门和地方重大科研任务，发展我国水产科学，将实验室建设成为在国内具有竞争力的水产科学研究基地、水产科学人才培养中心以及与港、澳、台和国际合作与交流的平台。
