1、蒙医基础理论与文献研究：① 蒙医三根七素理论研究、脉络理论研究、脏腑理论研究、蒙医病因病机学说研究；② 蒙医史与蒙医文献整理研究。在掌握蒙医药传统理论和相关文献的基础上，重点研究蒙医三根七素理论和脏腑理论，阐明和揭示其本质。
2、蒙药研究：①蒙药鉴定与品种资源研究（内容包括蒙药本草、品种与资源研究、蒙药鉴定与鉴定技术研究）；②蒙药及复方质量标准研究（内
容包括蒙药及其复方制剂定量研究、蒙药及其复方制剂指纹图谱研究）；③蒙药有效物质基础及药理研究（内容包括蒙医荮特色生物模型研究、蒙药及其复方有效部位、有效成分与药理作用关系研究；对蒙药及其复方总提取物进行药效学实验研究、蒙药复方拆方研究、蒙药及其复方制剂作用机制研究）。
3、方剂配伍规律、工艺及新药研究：内容包括①依据蒙医药的理、方、药、则，运用现代分析手段研究蒙药配伍规律；②改进传统蒙药制剂的生产技术，研制适应蒙医临床的新剂型、新蒙药。
4、蒙医外治法原理与应用研究：主要内容包括：① 蒙医传统疗术作用机理基础研，运用现代化的分析手段，从微观层次揭示蒙医传统疗术各种功效的产生机制；② 蒙医骨伤器械及操作的规范化、标准化、现代化研究；③蒙医外治法专病专科研究，结合蒙医各种传统外治法的疗效及特色，进行专病专治临床研究。在普遍掌握上述蒙医传统疗术研究内容的基础上，重点研究蒙医外治法作用机理基础研和蒙医外治法专病专科研究工作。
5、蒙医内治法原理与应用研究：主要内容包括：蒙医内科基础理论体系及诊法体系的研究、蒙医内科临床基础病证的规范化研究、蒙医内科临床基础辩证论治体系及规律的研究、蒙医临床基础及方药配伍规律的研究。
