制药工程省部共建教育部重点实验室于2007年10月正式立项建设，其前身为浙江省制药工程重点实验室，该实验室于2002年11月由省科技厅批复立项建设，2004年10月通过验收。
制药工程教育部重点实验室集化学制药、生物制药、天然药物和制药装备为一体，实验室所在的生物化工、药物化学学科均为浙江省“重中之重”学科，化工过程机械为省重点学科，并拥有药物化学、化工过程机械、生物化工3个博士学位点，以及药学一级学科硕士学位点和化工过程机械、生物化工硕士学位点。
实验室用房面积3000余平方米，拥有大型仪器设备40余台，价值达2000余万元。2003年以来，实验室科研人员承担各类科纵向科研项目100余项，包括国家863项目1项，973项目1项，国家科技支撑计划项目3项，国家自然科学基金12项；
获国家科技发明二等奖2项，省部级以上奖项15项。在国内外著名期刊上发表论文260余篇，其中被SCI、EI、ISTP三大检索系统收录的论文180余篇，出版专著3部，申请发明专利160余项，其中授权专利近70项。
与企业共建研发中心、实验基地10余个，产学研结合，近5年来，横向科研经费达5321万元，到款2769万元。同时为企业创造了超亿元的经济效益，项目成果的推广产生了显著的社会效益。
实验室拥有从事制药工程方面研究的科研人员近60人，主要学术骨干36人，其中中国工程院院士1人，教授10人，副教授（高级工程师）16人，中职9人，具有博士学位人员21人，在职攻读博士学位人员8人。
实验室拥有享受国务院政府特殊津贴人员3名，浙江省特级专家1名，浙江省有突出贡献中青年专家1名，，浙江省中青年学科带头人2名，浙江省“新世纪151人才工程”第一层次人员5名，第二层次人员5名，浙江工业大学学术带头人2名，学术骨干3名，全国优秀教师1名，是一支高学历、年富力强、年龄结构和知识结构合理、具有较高学术水平和团队精神的优秀科研队伍。
