南京化工职业技术学院化学工程系成立于1958年，几十年来培养了以全国技术能手、全国五四运动奖章标兵获得者薛魁（化工89级）和中石化劳模、技术能手唐卫泽（化工88级）为代表的、数以万计的优秀人才，他们散布在全省乃至全国各化工企事业单位，为化工的振兴和发展做出了巨大贡献。
该系有五个专业对外招生（学制三年）：应用化工技术专业、高分子材料应用技术专业、有机化工生产技术专业、高聚物生产技术专业和工业环保与安全技术专业。拥有投资数百万元的化工单元操作实训中心、高分子材料实训中心等实训场所，可分别满足化工类专业和高分子专业的学生进行岗位综合实训的需要，是相关专业学生技能考核和取证的重要场所，具有化工和高分子相关专业中、高级工技能培训、考核与取证资格。
化学工程系共有教师46人，其中教授1人，具有副高职称教师14人，高级以上职称教师占32.6%。“双师型”教师25人，拥有一支稳定的专家、教授、高级工程师组成的专、兼职教师队伍。该系的化工原理课程为江苏省省级精品课程，今年正申报国家级精品课程；高分子材料应用技术专业是江苏省省级骨干示范专业。
作为一个传统老牌系部，化学工程系始终重视高职教育、教学改革，不断创新职教理念，在培养模式和专业与课程建设方面坚持以就业为导向，注重学生岗位综合能力培养。积极与企业联合，举办了“订单式”培养的南通江山公司化工班、惠生公司化工班等。与此同时，该系多年来一直承担面向企业的各层次培训，如中石化南京化学工业公司的技师培训、塞拉尼斯公司和江苏中能光伏科技发展有限公司职工的岗前培训等。近年来，该系学生的就业率稳居98%以上，使传统专业老而弥新，始终焕发不竭的生命力。
