福建农业职业技术学院生物技术系成立于2003年8月。自成立以来，积极探索产学研有机结合的办学模式和运行机制，通过努力，现各项工作全面步入了正常发展的轨道。
全系目前招生专业共有7个：生物技术及应用、食品生物技术（加工方向）、食品生物技术（检验检疫方向）、食品生物技术（闽台合作班）、环境监测与治理技术、种子生产与经营、观光农业七个专业。
设立生物教研室、食品教研室和体育教研室等三个教研室。生物技术系现拥有一支长期从事教学实践、专业理论扎实、专业技能熟练、教学经验丰富、爱岗敬业的较雄厚和完备的师资队伍。任课教师39人：农业技术推广研究员1人，副高职称14人，中级职称6人，初级职称17人，见习教师1人。其中获博士学位1人，硕士学位（含在读）19人，师资结构较为合理。
生物技术系具有较完善的实验、实习、实训设备、设施，现有化学实验室、微生物实验室、植物生理实验室、生物工程实验室、食品生物技术实验室、遗传育种实验室、植物病虫实验室、组织培养实验室、食品加工与检验实验室、环境监测实验室、食用菌实验室等，基本能满足课程的实验需求。另本系在学院内拥有200多亩农业生态园、组培中心等实训基地，在院外有多处教学实训基地。学生在德、智、体、美、劳全面发展的基础上，掌握一定基础理论知识，同时具备较强专业实践技能，能从事食品生产与加工，环境监测与保护以及生物相关行业高素质的技能型人才。
