机械工程系是安徽国防科技职业学院规模最大、最具实力的系之一。 现开设有：数控技术、模具设计与制造、机械设计与制造、机械制造与自动化、焊接技术及自动化专业。
其中机械制造与自动化专业为安徽省特色专业；数控技术专业、模具设计与制造专业为教育部指定技能型紧缺人才培训专业；机械设计与制造专业、模具设计与制造专业为学院教改示范专业。
机械制造与自动化专业是安徽国防科技职业学院最早设立的专业之一，具有强有力的专业建设机构，雄厚的师资力量；各专业以技术应用能力为主线，以社会需求为向导，重点培养学生的实践创新能力和技术应用能力，突出专业自身特色，多年来培养了大批理论基础扎实，实践能力突出的高素质的技术应用人才，近两年毕业生就业率均在99%以上。机械工程系毕业生遍布安徽、广东、浙江、上海、江苏等地区，深受企事业单位的欢迎。机械工程系已成为安徽省军工行业和周边省份制造业人才培养、技术推广的重要基地。
机械工程系拥有一支高素质的教师队伍。现有教师43人，其中副教授、高级工程师16人，讲师16人；硕士18人，硕士研究生在读4人。双师型教师比例达50%以上。他们既具有扎实的理论知识和教学水平，又有较强的工程实践能力和较丰富的专业工作经验。为适应我国制造业的发展对人才需求的新要求，机械工程系不断深化教学改革，转变教育观念，积极探索着新形势下的高职层次人才培养模式，先后承担安徽省教研项目13项，省级重大教研教改项目2项。校内应用研究项目6项。机械制造与自动化入选第一批省级特色专业建设点，制造类工学结合技能型人才培养模式入选省教改试验区项目。获得省优秀青年人才资金项目3项，发表各类学术论文50多篇。其中3类以上论文20余篇，2类以上论文4篇，院精品课程6门。公开出版教材11本，编写校本教材11本。
机械工程系建有设备先进、体系完备的实践教学基地。现建有机械制造技术实训室、数控加工技术实训中心、电加工实训室、CAD/CAM实训室、焊接技术实训室、三坐标测量实训室、模具拆装实训室、材料力学性能实训室等，拥有各类教学科研设备共计100多台（套），设备总价值近千万元。同时，机械工程系坚持产学结合，注重加强与企业的合作，在六安江淮汽车齿轮股份有限公司、江淮汽车股份有限公司、东风机电股份有限公司、皖西机械股份有限公司等十多家企业建有校外实训基地。
机械工程系设有国家职业技能鉴定所，现具备钳工、车工、铣工、数控机床操作技能、AUTOCAD操作技能的培训和鉴定资格，校内外学员经过职业技能培训和鉴定，可获得初、中、高级职业技能证书。在学生中全面施行“双证书”制培养方案，学生毕业前取得“数控加工操作工”、“钳工”“车工”、“铣工”、“制图员”、“数控工艺员”等职业资格证书，几年来考试通过率达到90％，深受用人单位的欢迎。在2008年省第二届职业院校技能大赛中，机械工程系同学李孟、蒋子峻、刑印涛获工具钳工组二等奖及优秀奖。在2008年省劳动厅数控技能大赛中，安徽国防科技职业学院张勇、蒋子峻分获数控车组第四名和第八名；李镒、范士同、张明春同学分获数控铣组第四名、第五名和第九名。在2009年省第三届职业院校技能大赛中，机械工程系同学李根、钟玲玲分获工具钳工组三等奖；沈正好、李镒、蒋子峻获数控加工组团体三等奖。
本系成立了由企业专家组成的专业建设指导委员会，定期对专业的教学改革、教学计划、教学大纲、教材建设、“双师型”师资队伍建设、实验实训建设规划、校内外实习、就业岗位知识能力等重要问题讨论研究。教学改革中注重学生能力和素质的培养，加强学生应用能力的锻炼和提高，实践教学和理论教学的课时比例接近1:1,由于有良好的校内外实训条件，学生可直接顶班上岗，使毕业生真正做到“下得去，用得上，留得住”。
