机电工程系是安徽国防科技职业学院主要工程科学技术学系之一，目前在校学生1850余人。
现有机电一体化技术、电气自动化技术、应用电子技术、计算机控制技术、汽车制造与装配技术、汽车检测与维修技术、汽车技术服务与营销和计算机辅助设计与制造技术八个专业。电气自动化技术专业为省级特色专业建设点。
机电工程系下设电气自动化、机电一体化两个教研室；机电工程系实训中心下设电工电子与自动化技术、汽车维修技术两个专业实训中心。电工电子与自动化技术实训中心是省级示范实验实训中心。
近年来，机电工程系紧抓高等教育改革契机，坚持高职教育的办学模式和方向，注重对学生综合素质、实践能力和敬业创业精神的培养。坚持以教学为中心，狠抓教育教学质量和教学改革，加强产、学、研相结合，探索模块化的课程设置和一体化的教学手段和方法，始终把办出特色，培养生产、建设、服务与管理第一线高素质技能型专门人才作为办学目标，严格教学管理，加强课程建设。现已形成一支配备较为齐全、年龄结构与梯队建设合理、实力较强的机电类专业师资队伍。全系现有教师专任42人，其中具有副教授(高级工程师)职称13人，具有企业工作经历10人，具有硕士学位12人，在职攻读硕士10人，“双师型”教师占教师总数的50%以上。电气自动化技术专业教学团队是省级教学团队。
机电工程系各专业的设置紧紧围绕安徽及周边地区的经济发展，与安徽省的产业结构和人才需求相适应。为了培养名符其实的高素质技能型专门人才，本着“高起点、先进性”的原则，配套齐全的电工与电子线路、电机拖动、电力电子与调速系统、电气技术、维修电工培训考核、现代电气控制技术、传感与检测技术、PLC技术、自动生产线安装与调试、计算机组成原理、计算机原理与单片机接口技术、机械手控制和群控电梯、电子工艺创新、整车透明汽车模型、发动机、全车电器、汽车底盘、汽车故障分析等近三十个专业实验实训室，还设有可供各专业学生进行动手能力训练及专业实习且具备相当规模和生产能力的综合性实习工厂。在先进制造领域中，采用了世界流行并具有典型性特点的数控系统和相应的模拟操作软件，营造真实或仿真的职业技能训练环境；并与校外企业合作，建立了60多个实训基地。
学生在校期间，可自主选择工种在开放的“实验实训中心”进行相关实验实训；下厂实习期间，可在校外实训基地接触行业新技术，并将所学理论与生产实践紧密结合，形成机电类高素质技能型专门人才特有的职业素质。2008年在安徽省第二届职业院校技能大赛中维修电工项目获得一个二等奖和一个三等奖，发动机拆装项目获得一个团体；2009年在安徽省第三届职业院校技能大赛中维修电工项目获得二个二等奖和一个三等奖，电子产品设计与制作项目获得团队二等奖；2010年在安徽省第三届职业院校技能大赛中自动线安装与调试项目获得团队三等奖，发动机拆装项目获得团队二等奖；2010年“安徽锐捷杯”安徽省第五届大学生电子设计竞赛(高职组)中获得团队三等奖；安徽省示范性高职院校合作委员会(“A联盟”)2010年自动线安装与调试竞赛中获得团体二等奖。
机电工程系，是以素质教育为基础,能力培养为主，培养电气自动化技术、机电一体化技术、汽车技术、计算机控制技术、计算机辅助设计与制造技术等生产第一线急需的实用型人才。机电工程系本着培养合格 “社会人”和“职业人”的原则，努力成为把科学技术成果转化为现实生产力的桥梁。生源遍及安徽、江苏、浙江、江西、陕西、河南、湖南、湖北等省市。招生人数呈逐年上升趋势。机电工程系积极开展与专业相对应的各类职业技能大赛，初步形成“发赛促学、以赛促教”的双向促进机制。
未来3年，根据我国经济发展对人才的需求，预计增设1—2个新专业，形成自动化技术和汽车技术二个专业群。届时，机电系将为社会输送更多合格的专业技术人才。机电工程系作为学院的重点建设系部，将继续发扬 “团结、高效、求实、创新”的优良传统，建特色，创品牌，争市场，促发展，与时俱进，开创培养高素质技能型专门人才的新局面。
机电工程系党团工作朝气蓬勃，学生会组织完善。学生社团以人为本，相勉相助，课余活动健康丰富。机电工程系学生知努力，会刻苦，善思勤学，志存高远。
办学特色
（1） 聘请工厂有一定知名度的专家、高级工程师组成专业建设指导委员会，参与人才培养方案的制定、课程的设置、大纲的制订。
（2） 机电工程系毕业的学生均实行 “双证制” 即学生在获取毕业证的同时，还要经技能培训，经考核获取与其专业相对应的职业资格等级证书。比如： “中、高级维修电工”、“中、高级汽车维修工”“中、高级数控机床操作工”“电子 CAD”、电子装配工职业资格中级、高级证书等证书。
（3）充分发挥教师的聪明才智，自行研制实验、实训设备，如电气技术实训装置等。
