中医系是山东中医药高等专科学校最大的教学、医疗与科研单位，担负着中医学、中药学、针灸推拿学、康复治疗技术等10余个专业的教学任务，承担北京中医药大学、山东中医药大学等本科课程的函授教学任务，承担着山东中医药高等专科学校专科课程的函授教学任务。建校以来，中医系学术文化沉淀深厚，人才辈出，在教学、科研等方面处于国内同类院校前位。
师资力量：经过多年的实践与探索，中医系已形成了一支以专家、教授为核心、中青年骨干教师为主体、业务水平过硬、职称比例适当、年龄梯队合理的高素质师资队伍，师资力量雄厚。中医系现有学校编制在岗教师43人，专职教师28人，在校生3000人。其中，副教授以上职称22人，占教师总数的51%，讲师（及中级）职称14人，占32%；有博士研究生4人，硕士研究生17人，高学历人员占专职教师的75%。
学科建设：中医系注重学科和专业建设，以学科建设为重点，以教学科研为基础，学术、科研水平在国内同类院校中保持领先地位。中医学专业是山东中医药高等专科学校的骨干专业。中医系现下设5个教研室，2个实验室。目前，中医系承担着《中医基础理论》、《中医诊断学》、《中药学》、《方剂学》、《中医内科学》、《医学心理学》等16部国家规划教材的主编，副主编任务，参加编写国家规划教材38部，近几年发表学术论文260余篇。在研和已完成省级以上科研课题20余项。
人才培养：学校自1958年建校以来，已为社会培养医学类各专业人才13000余名，近5年，毕业生就业率达90％以上，就业范围主要分布在山东省，部分学员在省外、国外就业。山东中医药高等专科学校往届毕业生因其基础理论扎实、实践技能过硬、心理品德优良，深受各级医疗、预防、保健、康复等单位（机构）的欢迎，为中医事业的建设和发展做出了巨大贡献。学校现有直属附属医院1所，有县级以上教学实习医院68所，后期临床教学条件充分。
目前，中医系正坚持“平和交流，共建和谐氛围；科学思考，寻求最佳途径；规范做事，致力同步双赢”的工作理念，实施“跳跃式、追赶型”的工作策略，求实创新，科学发展，强化教师的主导作用，突出学生的主体地位，围绕学生的人性需求，关注学生的个性发展、多元化发展，努力提高教学质量和办学效益，为祖国中医药事业的发展做出更大的贡献。
